El barco partió del puerto holandés de Texel el 31 de agosto de 1641 bajo el mando del capitán Hendrick van der Decken. El Flying Dutchman navegaba rumbo a la colonia holandesa de Batavia (actual Indonesia) cuando un temporal inesperado lo hizo encallar en una isla desierta. Los marineros abandonaron el barco para intentar salvarse, pero van der Decken decidió quedarse y buscar ayuda. Al darse cuenta de que su capitán se negaba a dejar la nave, los tripulantes decidieron tomar represalias: ataron al capitán con cadenas pesadas e intentaron arrojarlos al mar. Van der Decken logró resistirse y amenazó con invocar a un poderoso dios de las tempestades en el infierno para castigar a los marineros que lo habían traicionado. Mientras hacía estas afirmaciones, se desparramaron sobre su cuerpo pequeñas piedras volantes. Los marineros corrieron hacia un abrigo de rocas, donde encontraron una estatua hecha de bronce que representaba a la diosa de las tempestades en el infierno. Desesperados por haber ofendido a los poderes superiores, se arrojaron al mar, pero el Flying Dutchman nunca se desencalló de la isla.
Desde ese momento, el Flying Dutchman ha sido visto por cientos de marineros a lo largo de los siglos, siempre apareciendo como un barco fantasma que navega sin rumbo en las aguas del Pacífico Sur. Los que han avistado el fantasma barco han afirmado que su tripulación permanece encadenada y que la estatua de la diosa de las tempestades en el infierno se encuentra a bordo, eternamente vigilando al Flying Dutchman.
